Комиссия является координационным органом, образованным для обеспечения согласованных действий федеральных органов исполнительной власти, а также для координации взаимодействия федеральных органов исполнительной власти и высшего исполнительного органа государственной власти Калининградской области при решении вопросов социально-экономического развития региона.

Основными задачами Комиссии являются:

- рассмотрение и подготовка предложений по вопросам социально-экономического развития Калининградской области;

- обеспечение согласованных действий федеральных органов исполнительной власти по реализации государственной политики в сфере социально-экономического развития Калининградской области;

- совершенствование механизмов координации деятельности федеральных органов исполнительной власти и высшего исполнительного органа государственной власти Калининградской области по вопросам социально-экономического развития Калининградской области.