В соответствии с решением Президента Российской Федерации Д.А.Медведева в поддержку инициативы Предстоятеля Русской православной церкви Алексия II в октябре 2008 года учреждён благотворительный фонд по восстановлению Воскресенского Ново-Иерусалимского ставропигиального мужского монастыря. 20 октября 2008 года прошло первое заседание попечительского совета фонда – высшего общественного надзорного органа фонда (всего было проведено четыре заседания совета). Сопредседателями совета в настоящее время являются Председатель Правительства Российской Федерации Д.А.Медведев и Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.
В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 20 декабря 2010 года №2350-р в состав ансамбля монастыря входит 29 объектов, из них оформлено в пользование монастыря 23, в стадии оформления – 3, в собственности Московской области находится 3. Реставрационными работами охвачено 22 объекта.
За период 2009–2013 годов под эгидой фонда в Ново-Иерусалимском монастыре полностью отреставрированы надвратная церковь Входа Господня в Иерусалим со Святыми вратами; церковно-приходская школа, приспособленная для проживания братии монастыря; колокольня с изразцами и куполом с крестом в позолоте; керамические иконостасы Воскресенского собора; Дамасская и Ефремова башня, прясла северной части крепостной стены; фасады, интерьеры и кровля подземной церкви св. Константина и Елены.
В настоящее время продолжаются реставрационные работы в интерьерной крестовой части Воскресенского собора и в подземной церкви св. Константина и Елены: на 99% выполнены работы по лепному декору, отделочным и альфрейным работам. Проводится комплекс работ на таких объектах, как южные башни и прясла крепостной стены, Дворец царевны Татьяны Михайловны, восточный корпус братских келий, наместничьи, Квасные и Караульные палаты.
На 60% демонтированы леса на фасадах Воскресенского собора, производится финишная окраска оставшихся участков фасадов. Смонтирована и отреставрирована вся керамика на фасадах. Готова большая часть кровель Воскресенского собора, ведутся работы по устройству медной кровли в тех местах, где были демонтированы строительные леса. Воссоздана большая часть декоративных элементов интерьеров и фасадов Воскресенского собора (кованые ограждения, резные балясины и ограждения и так далее). Производятся работы по резьбе иконостасов.
На большинстве объектов комплекса выполнены противоаварийные работы, также выполнены работы по усилению северного склона холма, проводится усиление фундаментов и грунтов в основаниях башен, работы по благоустройству и озеленению.
К реставрационным работам в монастыре в 2013 году было привлечено более 1,5 тыс. человек.
Всего за 2009–2013 годы на реставрационные работы из средств федерального бюджета выделено 6,6 млрд рублей. Также фондом продолжается работа по привлечению благотворительных пожертвований для воссоздания исторического облика монастыря.