Основными функциями Подкомиссии по экономической интеграции Правительственной комиссии по экономическому развитию и интеграции являются:

- обеспечение экономической интеграции, осуществление взаимовыгодного сотрудничества Российской Федерации с государствами – участниками Содружества Независимых Государств и иных интеграционных объединений, созданных в рамках Содружества Независимых Государств, а также с Европейским союзом, форумом «Азиатско-тихоокеанское экономическое сотрудничество», Ассоциацией государств Юго-Восточной Азии и государствами-членами Организации Исламская конференция;

- обеспечение полноправного членства Российской Федерации во Всемирной торговой организации и Организации экономического сотрудничества и развития;

- осуществление государственной политики Российской Федерации в сфере содействия международному развитию.