Комиссия является координационным органом, образованным для обеспечения взаимодействия федеральных органов государственной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и иных органов и организаций в целях создания условий для устойчивого развития и функционирования в сферах природопользования и охраны окружающей среды.

Основной задачей Комиссии является координация действий федеральных органов государственной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и иных органов и организаций, в том числе по вопросам:

• государственной политики в области геологического изучения недр и воспроизводства минерально-сырьевой базы;
  
• государственной политики в сфере охраны окружающей среды, включая вопросы, касающиеся обращения с отходами производства 
  
• и потребления, нормирования вредных воздействий на окружающую среду;
  
• государственного управления водохозяйственным комплексом Российской Федерации;
  
• сохранения и эффективного использования лесных ресурсов и развития лесопромышленного комплекса;
  
• управления особо охраняемыми природными территориями;
  
• правового регулирования предоставления недропользователям права пользования участками недр, обеспечения рационального использования и охраны недр.