Комиссия является координационным органом, образованным для обеспечения согласованных действий заинтересованных федеральных органов исполнительной власти, а также для координации взаимодействия федеральных органов исполнительной власти и высших исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации, расположенных на территории Дальневосточного федерального округа и Байкальского региона, при решении вопросов социально-экономического развития субъектов Российской Федерации, расположенных на территории Дальневосточного федерального округа и Байкальского региона