Правительственная комиссия по обеспечению устойчивого функционирования водохозяйственного комплекса Сибири и Дальнего Востока является координационным органом, образованным для обеспечения взаимодействия федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и иных органов и организаций в целях создания условий для устойчивого развития и функционирования водохозяйственного комплекса, осуществления контроля за водохозяйственной обстановкой в регионах Сибири и Дальнего Востока.

Основными задачами Комиссии являются:
а) обеспечение координации действий органов исполнительной власти по разработке и реализации основных направлений развития водохозяйственного комплекса Сибири и Дальнего Востока;
б) разработка мер по снижению негативного воздействия вод в регионах Сибири и Дальнего Востока, направленных на предотвращение угрозы нарушения функционирования объектов водохозяйственной
инфраструктуры, включая объекты инженерной защиты и гидротехнические сооружения, восстановление пропускной способности водных объектов, и контроль за реализацией указанных мер;
в) анализ и контроль за реализацией долгосрочных программ развития водохозяйственного комплекса Сибири и Дальнего Востока.