Премия учреждена постановлением Правительства от 15 декабря 2004 года №793 в целях развития научного потенциала Российской Федерации и стимулирования творческой активности молодых ученых.

Учреждено семь таких ежегодных премий в размере 500 тыс. рублей каждая. Первое присуждение премий состоялось по итогам рассмотрения работ, представленных в 2005 году. Возраст соискателей, кроме научного руководителя авторского коллектива молодых учёных, не должен превышать 33 лет.

постановлением Правительства от 31 августа 2019 года №1121 размер денежной части премий с 1 января 2020 года увеличен с 500 тыс. рублей до 1 млн рублей.